Der Nachlass Ebners befindet sich seit 1987 am Forschungsinstitut Brenner-Archiv in Innsbruck. Er umfasst 39 Kassetten (ca. 2500 Signaturnummern) mit Material, das von Christoph König und Anton Unterkircher archivarisch aufgenommen und beschrieben wurde, sowie weitere 4 Kassetten nicht-archiviertes Nachtragsmaterial (Kurzbeschreibungen vorhanden).

Der Nachlass ist im Detail wie folgt gegliedert:

1 Philosophische Werke (1909-1931)

Ca. 60 Unterlagen (ca. 5000 Manuskriptseiten), enthält Entwürfe, Abschriften, Reinschriften und Druckfahnen veröffentlichter und unveröffentlichter Werke.

2 Künstlerische Werke (1896-1904)

Ca. 280 Unterlagen, überwiegend unveröffentlicht.

3 Notizen

3.1 Aphorismen (1905-1931)

17 Unterlagen (ca. 2000 Manuskriptseiten)

3.2 Tagebücher (1899-1931)

25 Unterlagen (ca. 2000 Manuskriptseiten)

3.3 Abschriften (1900-1931)

8 Unterlagen (ca. 370 Manuskriptseiten)

4 Korrespondenz

Ca. 2000 Briefe, u.a. von/an Bruno Adler, Emil Brunner, Hans Ehrenberg, Josef Matthias Hauer, Josef Humplik, Hildegard Jone, Johannes Itten, Luise Karpischek, Carl Muth, Josef Räuscher.

4.1 Von Ebner (1900-1931)

4.2 An Ebner (1900-1931)

5 Lebensdokumente

16 Unterlagen

5.1 Rechnungen, Testament u.a.

5.2 Bibliotheksverzeichnis

6 Kryptonachlässe

6.1 Josef Matthias Hauer (1912-1919)

56 Unterlagen

6.2 Josef Räuscher (nach 1900-um 1914)

6 Unterlagen

6.3 Hildegard Jone (1931)

4 Unterlagen

7 Bibliothek

Ca. 600 Titel.

7.1 Philosophie

7.2 Theologie

7.3 Psychologie, Naturwissenschaft und Medizin

7.4 Brenner

7.5 Periodika

7.6 Geschichte und Politik

7.7 Literatur und Belletristik

7.8 Kunst und Musik

7.9 Sonstiges

8 Sonstige Sammlungen

8.1 Zeitungsausschnitte

8.2 Konzertprogramme

8.3 Verlagsprospekte

9 Anreichernder Nachlassteil Luise Karpischek

10 Anreichernder Nachlassteil Hildegard Jone/Franz Seyr

11 Anreichernder Nachlassteil Walter Ebner